Masaryk sinh trong một gia đình giai cấp công nhân nghèo ở thành phố Hodonín (Morava) mà phần lớn dân là người Công giáo.[1] Cha ông - Jozef Masaryk (Masárik) - một người đánh xe ngựa thất học (sau làm quản gia), là người Slovak ở phần Hungary của đế quốc Áo-Hung (sau năm 1918 trở thành tỉnh miền Đông của Slovakia thuộc Tiệp Khắc); còn mẹ ông - Teresie Masaryková (nhũ danh Kropáčková) – là người Morava gốc Slav nhưng có học tiếng Đức. Họ kết hôn ngày 15.8.1849.

Vấn đề sắc tộc của ông khá rắc rối. Trong những giai đoạn khác nhau của cuộc đời, ông tuyên bố mình là một người Séc, người Slovak, người Morava hoặc "Slovak Morava". Khi làm tổng thống, trong khuôn khổ quan niệm riêng của mình về chủ nghĩa Tiệp Khắc (Tzechoslovakism) ông thường nói rằng mình là "một thành viên của nhánh Slovakia thuộc quốc gia Tiệp Khắc" - và đó dường như là một mô tả tốt nhất về tình cảm cá nhân của ông. (Cũng cần lưu ý rằng ông đã không sử dụng chữ Séc mà dùng dạng tiếng Slovak trong tên gia đình mình - "Masaryk" chứ không "Masarik" hoặc "Masařík").

Khi còn trẻ, Masaryk làm nghề thợ rèn. Ông học ở Brno, ở Vienne (1872–1876 học triết học với giáo sư Franz Brentano) và ở Leipzig (với Wilhelm Wundt). Năm 1882, ông được bổ nhiệm làm giáo sư triết học ở Đại học Praha. Năm sau, ông sáng lập tờ Athenaeum, một tạp chí chuyên về khoa học và văn hóa Séc.

Ông đã đặt vấn đề nghi ngờ tính hợp lệ của tập sử thi "Rukopisy královedvorský a zelenohorský", được cho là có niên đại từ đầu thời Trung cổ, và đưa ra một nền tảng dân tộc tính sai lầm về chủ nghĩa Sô vanh Séc mà ông liên tục phản đối. Bực tức hơn nữa về tình tự dân tộc Séc, ông đã chống lại sự mê tín cũ vu khống người Do Thái giết trẻ em (dân tộc khác) để lấy máu hiến tế (trong một số nghi thức tế lễ) trong vụ xét xử Hilsner năm 1899[2]. Chủ đề của luận án tiến sĩ của Masaryk là hiện tượng tự tử.

Masaryk làm nghị sĩ trong Reichsrat (Nghị viện Áo) từ năm 1891 tới 1893 đại diện cho đảng thanh niên Séc và từ năm 1907 tới 1914 đại diện cho đảng Duy thực (Realist Party), tuy nhiên ông không đấu tranh cho Tiệp Khắc được độc lập từ đế quốc Áo-Hung. Năm 1909 ông đã giúp Hinko Hinković ở Vienne bảo vệ trong vụ án bịa đặt chủ yếu chống lại những người Serbia danh tiếng là thành viên của Liên minh Serbia-Croatia cùng những người khác, những người này đã bị kết án hơn 150 năm tù và một số bị án tử hình.

Khi Chiến tranh thế giới thứ nhất nổ ra năm 1914, Masaryk kết luận rằng cách tốt nhất là mưu tìm một quốc gia độc lập cho người Séc và người Slovak, và rằng chỉ có thể làm từ bên ngoài đế quốc Áo-Hung. Tháng 12 năm 1914, ông cùng với cô con gái Olga đi sống lưu vong, ban đầu ở Roma, rồi Genève, và từ đây sang London qua ngả Paris năm 1915, sang Nga trong tháng 5 năm 1917 rồi Hoa Kỳ qua ngả Vladivostok và Tokyo trong tháng 4 năm 1918.

Từ khi lưu vong ở Genève trở đi, ông bắt đầu tập hợp những người Séc và Slovak sống bên ngoài đế quốc Áo-Hung, chủ yếu ở Thụy Sĩ, Pháp, Anh, Nga, Hoa Kỳ, và lập ra những đầu mối liên lạc chứng tỏ là có tính quyết định cho sự nghiệp đấu tranh giành độc lập cho Tiệp Khắc. Ông cũng diễn thuyết, viết nhiều bài báo và những bản ghi nhớ chính thức hỗ trợ cho sự nghiệp dành độc lập của Tiệp Khắc. Ở Nga, ông là người chủ chốt trong việc thành lập "Đội quân Tiệp Khắc" gồm những người Séc và Slovak tình nguyện, chiến đấu có hiệu quả bên cạnh quân Đồng minh trong Chiến tranh thế giới thứ nhất.

Năm 1915 ông là thành viên đầu tiên trong ban giảng huấn của School of Slavonic and East European Studies (Anh) mới được thành lập, mà ban đầu là một phân khoa của King's College London,[3] và nay là thành phần của "University College London", nơi có một phòng chung cho sinh viên lớp trên được đặt theo tên ông.

Ông trở thành giáo sư môn nghiên cứu văn hóa Slav tại "King's College London" giảng dạy "Vấn đề khó khăn của các nước nhược tiểu".

Trong Chiến tranh thế giới thứ nhất, mạng lưới tình báo của Masaryk gồm những người cách mạng Séc đã cung cấp nhiều tin tình báo quan trọng cấp thiết cho Lực lượng Đồng minh. Mạng lưới tình báo của Masaryk ở châu Âu làm việc chung với mạng lưới phản gián của Hoa Kỳ gồm khoảng 80 người do Victor Emanuel Voska (1875 - 1960) chỉ huy.

Tin tình báo của các mạng lưới này cũng góp phần chủ yếu trong việc phát giác Hindu-German Conspiracy[4] tại San Francisco.[5][6][6][7][8]

Năm 1916, Masaryk sang Pháp để thuyết phục chính phủ Pháp về sự cần thiết phải giải tán Đế quốc Áo-Hung. Sau Cách mạng tháng Hai năm 1917 ông sang Nga để giúp tổ chức lực lượng kháng chiến Slav chống đế quốc Áo-Hung, cái gọi là "Đội quân Tiệp Khắc".

Năm 1918 ông sang Hoa Kỳ thuyết phục tổng thống Woodrow Wilson ủng hộ sự nghiệp của mình. Ngày 26.10.1918, nói truyện ở bậc thềm của Independence Hall ở Philadelphia với tư cách người lãnh đạo Mid-European Union [9], Masaryk đã đòi hỏi sự độc lập cho người Tiệp Khắc và các dân tộc bị áp bức khác ở Trung Âu. Ngày 5.5.1918 hơn 150.000 người Chicago đã xuống đường chào mừng giáo sư Thomas Garrigue Masaryk, vị tổng thống tương lai của Tiệp Khắc.

Masaryk đã sang Mỹ từ Nga, nơi ông giúp tổ chức "Đội quân Tiệp Khắc" gồm những cựu tù binh chiến tranh để chiến đấu cho một quốc gia Tiệp Khắc độc lập. Chicago thời đó là trung tâm của những người Tiệp Khắc nhập cư vào Hoa Kỳ, đã nhiệt tình đón tiếp Masaryk, gợi nhớ lại những lần Masaryk viếng thăm thành phố này trước đây và lần ông làm giáo sư khách ở Đại học Chicago năm 1902. Trước năm 1918, Masaryk đã từng giảng dạy ở Đại học Chicago năm 1902 và 1907. Ông cũng có quan hệ cá nhân chặt chẽ với Hoa Kỳ từ năm 1878 thông qua cuộc hôn nhân của ông với một công dân Mỹ - Charlotte Garrigue – và tình bạn với Charles Crane, một kỹ nghệ gia người Chicago. Nhờ có Crane, mà Masaryk được mời tới giảng dạy ở Đại học Chicago và được giới thiệu với giới chính trị gia cao nhất, trong đó có Woodrow Wilson.

Với sự sụp đổ Đế quốc Áo-Hung năm 1918, phe Đồng minh công nhận Masaryk là người lãnh đạo chính phủ Tiệp Khắc lâm thời, và ngày 14.11.1918, ông được Quốc hội ở Praha bầu làm tổng thống Liên bang Tiệp Khắc.

Masaryk được bầu lại làm tổng thống 3 lần: năm 1920, 1927, và 1934. Sau khi Hitler lên nắm quyền ở Đức, ông là một trong những nhân vật chính trị đầu tiên ở châu Âu nói lên sự lo ngại. Ông từ chức ngày 14.12.1935 với lý do tuổi già và sức khỏe kém, và Edvard Beneš kế vị ông. Masaryk được hưởng cương vị gần như huyền thoại trong nhân dân Tiệp Khắc, và ông đã sử dụng cương vị này để tạo ra một mạng lưới chính trị không chính thức rộng lớn gọi là Hrad.